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洁净实验室应远离污染源，如工业区、交通要道等，以减少外界污染对实验室环境的影响。同时，实验室应位于交通便利、供电稳定、水源充足的区域，便于人员通勤和设备物资运输。
洁净实验室的洁净度等级是设计的重要参数，根据实验室的使用目的，确定所需的洁净度等级，如ISO 5、ISO 6、ISO 7或ISO 8等。不同等级的洁净室有不同的洁净度要求和应用范围。在确定洁净度等级后，还需参考相应的国际标准，如ISO 14644等，明确洁净室的洁净度要求和相关测试方法。
洁净实验室需要设计空气净化系统，合理的空气流向设计能够确保洁净区域内的空气压力高于周围区域，防止污染物进入。常见的空气流向设计包括单向流（层流）和乱流（非单向流）两种形式，具体选择需根据洁净度要求和使用目的确定。安装高效过滤器（HEPA或ULPA）是确保洁净室内空气质量的关键措施，它们能有效过滤掉空气中的微粒和微生物。
洁净实验室的装修选择耐磨、耐腐蚀、易清洁的特殊材料，确保实验室的洁净度。墙面、地面、天花板等都要进行特殊处理，防止尘埃、细菌等污染物的滋生。门窗应采用密封性能良好的材料，防止外界空气和尘埃进入。同时，应设置风淋室等气闸装置，以减少人员进出时带入的污染。
洁净室入口处设置风淋室，能有效清除人体所带灰尘，减少洁净室的灰尘量，同时风淋室也起到了气闸的作用，防止不洁净空气由门进入洁净区。洁净室需向室内供给一定比例的新鲜空气，净化过滤后进入各实验室以补偿排风，保证正压及工作人员需要。一般室内送排风采用上送下排方式，室内排风口应设在室内被污染风险最高的区域，单侧布置，不得有障碍。
洁净实验室设计装修完成后，还需进行严格的验收工作，确保实验室各项指标均达到标准要求。在实际设计中，应根据实验室的具体需求和条件进行定制化设计，以确保实验室的洁净度、安全性和高效性。
